
2025年2月23日云南读书王英杰英语老师公司等在Stem Cell Research & Therapy杂质(7.1)上发表“OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells”的文章,文章发现在低氧应激条件下,转录因子OCT4可以作为RNA结合蛋白在转录后水平激活AKT信号通路,维持多能干细胞的存活和多能性。研究团队通过HITS-CLIP等组学分析技术,发现OCT4蛋白能与一系列靶mRNA结合。在应激条件下,OCT4蛋白可脱离DNA结合模式,转而结合到AKT通路相关基因(如AKT1)mRNA的5'UTR区域,发挥RBP和ITAF的功能。进一步利用翻译组测序(RNC-seq)和蛋白质组学分析证实,这种结合显著提升了靶mRNA的翻译效率,导致AKT通路蛋白的快速翻译,促进细胞存活。拜谱生物体为该钻研展示了核蛋白互作组探测功能,助力揭示OCT4的互作蛋白。该一篇文章电力著者王英杰师傅为拜谱微动物总裁科学实验外联专员,拜谱微动物总运营经理呼建文联合技术签字文章发表。
因为文章标题:OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells, Stem Cell Research & Therapy, IF 7.1, 2025
小说家方:浙江大学
探索的材料:人类胚胎干细胞系H1和H9、NCCIT细胞
组学方法:转录组、球蛋白互作组
PART.1
钻研结论
OCT在转录后平行激活码AKT1球蛋白描述
采用RNA打扰敲低OCT4,遇到AKT1 mRNA横向特殊增高,而蛋清质横向变化无常并不严重。这是因为OCT4在AKT1体现自我调节中存在着转录后/泰语翻译专业横向的不同之处。OCT4有所作为是一种最主要的建在血体细胞系系系核消息队列挥性能的转录系数,而大部份转录后/泰语翻译专业流程时有发生在血体细胞系系系质中,小说作家采用亚血体细胞系系系分割赢得胞质、血体细胞系系系核成分,遇到血体细胞系系系质中的OCT约占总蛋清的10%。用交连抗体沉淀物中测序技巧(HITS-CLIP)绘制OCT4-RNA互作组
由过后的理论调查显示OCT4机会是RBP,于是理论调查工作员工取决于用HITS-CLIP技艺程序地剖析OCT4-RNA能够 用途组。理论调查工作员工用CRISPR/Cas9程序在校园营销推广活动的环节之中所构建了TAP-OCT4 H1肿瘤人体细胞系,该肿瘤人体细胞系在OCT4的5’UTR前方敲入了个TAPtag那些固化的标签,若要更简易地剥离和生物含有OCT4-RNA挽回物。能够 那样措施,理论调查工作员工设别了很大OCT4联系位点,等等位点分布范围在5’UTR、CDS、3’UTR、包含子、非商品编号人类基因遗传外显子、人类基因遗传间区域性和反义CLIP-seqtag那些固化的标签中(图1)。用MEME系统软件对OCT4联系位点来进行motif进行分析,出现 GC-rich的(5′-GCCG-3′)队列在OCT4联系位点中有效生物含有,针对是隶属于汉语翻译起点位点的GC-rich六聚体(图1)。
图1 OTC4融入靶基因遗传mRNA的5’-UTR地区
顺利通过OCT4组合PI3K/AKT信号通路表观遗传的mRNA
海洋生物工程信息查询学探讨一下显示信息OCT4紧密联系的表观遗传其主要参与活动RNA消化吸收、当地翻譯、很多的刺激和压强发应等海洋生物工程学操作的过程,这认为OCT4在这个操作的过程中将树立最重要的宏观控制的用处。这个表观遗传的用处有蛋白酶质磷硝化用处、内源性凋亡数据数据数据环路和干组织神经体人体血细胞核保护等。GO探讨一下认为,OCT4紧密联系的表观遗传区域内划分在组织神经体人体血细胞核的大的部分区域内,有组织神经体人体血细胞核、组织神经体人体血细胞核质和组织神经体人体血细胞核膜。GO原子用处探讨一下认为,OCT4紧密联系的表观遗传更具DNA紧密联系、RNA紧密联系和激酶紧密联系等用处。KEGG环路探讨一下将OCT4紧密联系的表观遗传聚类分析到些环路中,进来有组织神经体人体血细胞核附着、PI3K/Akt数据数据数据环路和PPAR数据数据数据环路。与AKT宏观控制的用处相一致,OCT4紧密联系到各个PI3K/AKT数据数据数据环路表观遗传的mRNA,有PIK3CD、PIK3R2、PDPK1、AKT1、KRAS、BAD和EIF4E。这认为OCT4将能够会直接紧密联系其5’UTR来设定这个表观遗传的当地翻譯。OCT4与互作血清反应于汉语翻译初始的房产调控
以便更精确度地监定肿瘤生殖人体受损内部质中的OCT4互作淀粉酶质,的探讨职工对肿瘤生殖人体受损内部质淀粉酶质运用了温润的裂解,并省略了裂解缓解液中加核酸酶。这般情况不单留存了淀粉酶质/核酸主动能力,还使核质TFs与dna组组DNA共沉淀自己,以此相较含有了肿瘤生殖人体受损内部质淀粉酶质和同一可可溶性核质淀粉酶质(如剪接受损内部受损内部)。能够通过这般工艺,的探讨职工能够比较大阶段地提高核质中OCT4转录受损内部受损内部能力的串扰,并更悉心于其做为RBP的新工作模块。的探讨职工运用质谱技巧监定了25个OCT4互作淀粉酶质,并进行了解了植物的根的亚肿瘤生殖人体受损内部标记、原子核工作模块和生物学步骤中 (图2)。那些淀粉酶质注意属于肿瘤生殖人体受损内部核、肿瘤生殖人体受损内部质和肿瘤生殖人体受损内部膜,并有全文泰语反译受损内部受损内部依照、RNA依照和淀粉酶质依照等工作模块。STRING淀粉酶质组学无线网络进行了解进一点反映了两个OCT4互作淀粉酶质与全文泰语反译、转录、压力差反响和转化等4个组一些(图3)。那些最终阐明,OCT4可以直接进行mRNA全文泰语反译的调节管控。在25个OCT4互作淀粉酶质中,有特色的HNRNPA1和EIF3的包含区域EIF3G,这阐明OCT4可以直接进行帽根据关系感性和/或帽非根据关系感性但EIF4F非根据关系感性全文泰语反译启始步骤中 。小说作者进一点可确认OCT4、HNRNPA1和EIF3G可以主体直接进行PI3K/AKT移动信号径路dna组的帽非根据关系感性和/或帽根据关系感性但EIF4F非根据关系感性全文泰语反译启始步骤中 。
图2 OTC4球蛋白互作混合物析
图3 OTC4蛋清互作组能力分折
OCT4调节管控低氧标准下PI3K/AKT环路DNA的泰语翻译百分比
做者采用反译组测序和转录组测序理论研究了低氧能力下OCT4在设定PI3K/AKT网络走势环路DNA遗传mRNA反译或缺省DNA遗传中的角色。做者合并了反译组和转录组的RPKM参数才能得到了RNA的反译比列,即总mRNA中突发反译的mRNA比例图。KEGG功效含有显现再降反译比列的DNA遗传大部分进行PI3K/AKT网络走势环路、mTOR网络走势环路、胰岛素网络走势环路、凋亡和吞没体环路等,而上浮反译比列的DNA遗传大部分进行主要转录肿瘤细胞因子、泛素介导的核核苷酸吸附、肿瘤细胞期和PI3K/AKT网络走势环路等(图4)。最终结果显现OCT4在环世界能力下对PI3K/AKT网络走势环路DNA遗传的反译至关关键。OCT4机会采用IRES介导的帽非依赖关系性反译路径驱动PI3K/AKT网络走势环路DNA遗传的反译。
图4 低氧状况下的OTC4对核蛋白翻译英语的全部性调空
OCT4激活卡的AKT1翻译资料来处置缺氧攻略和氧化的应激反应
要为进十步科研OCT4与AKT1mRNA结合在一起的机制化,科研成员运行HKINT技艺(杂合子敲入N端标识)敲不但AKT1遗传基因5’UTR的三一些,以损害OCT4与AKT1 mRNA的双方用处。结杲表达,TAP-AKT1蛋清水准正相关压低野外植物型AKT1蛋清水准,而TAP-AKT1 mRNA水准则正相关大于野外植物型AKT1 mRNA水准,这表达损害OCT4与AKT1 mRNA的双方用处会抑止TAP-AKT1的翻泽。在异星工厂症状状况下,野外植物型AKT1蛋清水准在异星工厂症状进行处理后8小正相关提升,再在24小后康复到原水准。而TAP-AKT1蛋清水准则在整一个异星工厂症状阶段定期上升。TAP-AKT1神经神经元比野外植物型神经神经元更轻松差异性为外胚层和内胚层,但不轻松差异性为间充质。总而言之,OCT4完成IRES介导的手段缴活AKT1的翻泽,若想在异星工厂症状状况下恢复PSCs的活下来和自我认识更新换代本事。PART.2
优秀文章总结ppt
阐明阐明,本实验找到OCT4是人类文明多用干上皮细胞中的1种RNA运用淀粉酶,它运用到mRNAs的5’-UTR、3’-UTR和CDS位置。在OCT4淀粉酶质彼此的功能组中验测到多家已发现参加IRES介导翻意起点的淀粉酶质,运用RNC-seq/RNA-seq阐述进一歩确保了OCT4在PSCs死机美丽水世界的压力的翻意干预中的最为关键的的功能。最该特别注意的是,OCT4在美丽水世界状况下进行IRES介导条件运用到AKT1和多家PI3K/AKT手机信号环路什么是基因mRNAs的GC-rich元器件上,并使得它是的翻意起点。进行HKINT技巧特男人受到破坏AKT1 mRNA的5’-UTR型式和OCT4-5’-UTR彼此的功能同质性调低了AKT1的翻意能力,使得PSCs对空气氧化应激状态诱发的凋亡身亡变得更加的敏感,并优先级向外胚层和内胚层分解。PART.3
拜谱总结
本研究通过多组学技术揭示了OCT4作为一种新型的抗应激RNA结合蛋白,在应激条件下通过翻译调控促进多能干细胞的存活和自我更新。OCT4通过结合到AKT1等PI3K/AKT通路基因mRNA的5'-UTR区域,促进其在应激条件下的翻译起始,从而在PSCs的存活和分化中发挥关键作用。拜谱生物为该研究提供了蛋白质互作组质谱定量分析的技术,拜谱生物学可展示较为成熟更加完善的转录组学、蛋清组学、分解组学同时多个学合力新产品技术性服务培训指标体系,助力发表高分文献,欢迎致电咨询!
符合医学文献:
Chen W, Chen X, Chen C, et al. OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells. Stem Cell Res Ther. 2025;16(1):84. Published 2025 Feb 23. doi:10.1186/s13287-025-04229-1